- OS. CZARKOWOPasmo 01
- Os. CzarkowoPasmo 02
- Os. Czarkowo I Pasmo 03
- Os. Na OlimpiePasmo 04
- Rondo BatoregoPasmo 05
- RzeźniczakaPasmo 06
- ŹródlanaPasmo 07
- EnergetykówPasmo 08
- ZjednoczeniaPasmo 09
- DziałkowaPasmo 010
- PorzeczkowaPasmo 011
- AgrestowaPasmo 012
- ProstaPasmo 013
- WyczółkowskiegoPasmo 014
- Uniwersytet Zielonogórski Campus BPasmo 015
- WęgierskaPasmo 016
- Monte CassinoPasmo 017
- WiśniowaPasmo 018
- Ogród BotanicznyPasmo 019
- BotanicznaPasmo 020
- BOTANICZNAPasmo 021
Linia 39 kursuje na trasie OS. CZARKOWO – BOTANICZNA (Zielona Góra, 21 przystanków).
Linia 39 kursuje na trasie BOTANICZNA – OS. CZARKOWO (Zielona Góra, 20 przystanków).